聚丙烯酰胺的用途之一是絮凝在液体中的固体，此过程适用于各种污水废水处理。大多数聚丙烯酰胺是以液体形式提供作用的。

它可以生成高粘度水溶液浓度低的聚丙烯酰胺聚合物，聚丙烯酰胺及其衍生物的另一个常见用法是在地下水的净化和应用，如提高采收率。

同样，作为添加剂的粉状及其共聚物的吸水性能，聚丙烯酰胺聚合物的离子形式在水处理行业中扮演着一个重要的角色，使水处理厂大大提高了原水的总有机含量 (TOC)。 三氯化铁和氯化铝等三价金属盐都是由聚丙烯酰胺的聚合物相链和桥接。

聚丙烯酰胺在分子生物学中作为一种媒介以电泳蛋白质和核酸的技术，利用与其他水处理药剂的作用相结合下使用，结果絮凝率大幅度提高。

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