养猪场废水含有大量氮和磷。氮、磷如果排入水体，容易造成水体富营养化和污染。水中以硝酸盐形式存在的氮，如果饮用会对人体健康造成危害。土壤中多余的养分会破坏土地的生态平衡。粪便中抗生素残留对人体健康的危害也引起了人类健康科学家和畜牧业工作者的关注。