化肥厂废水主要来自合成氨和尿素车间的浓氨氮废水。该废水中氨氮的主要形式为无机氨。化肥厂废水中超过炼油厂废水处理标准的主要污染物是氨氮、硫化物和总氰化物。这种类型的水具有氨氮含量，并含有有毒的总氰化物和硫化物特性。在处理化肥厂废水时，无论采用何种工艺和方法，一般处理过程可分为三个步骤。

第一步：预处理。化肥厂废水可以通过水质和水量调节、化学沉淀、浮选、隔油等方法进行初步净化，目的是从水中分离出悬浮固体、浮油和重油等杂质。
第二步：生物纯化。化肥厂废水的生物净化方法是利用微生物的降解作用，对排放口废水处理中的有机溶解物和胶体物质进行生物降解，有效降低水中氨氮和 COD含量。
第三步：深度净化。所使用的技术主要包括活性炭吸附、臭氧氧化、膜分离等，目的是降低废水中的COD含量和色度，吸附气味、气味和其他难以被微生物降解的有机和溶解性无机污染物，并彻底净化废水达到标准。
需要注意的是，由于不同化肥厂废水的质量、数量和处理标准不同，废水运营商在选择处理方法方面也存在显著差异。化肥厂整个废水处理过程中使用的主要净水器是 聚合氯化铝和聚丙烯酰胺。其中，在废水絮凝沉淀过程中，聚合氯化铝和阴离子聚丙烯酰胺的组合常用于综合性食品厂废水，阳离子聚丙烯酰胺常用于污泥脱水处理。阴离子聚丙烯酰胺和阳离子聚丙烯酰胺的选择应基于水质。