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制药厂的污染不亚于印染行业。其水质比较复杂，污水中含有有毒有害难以讲解的有机物质。如果说直接排放的话，将直接影响环境。制药厂废水的水质一般应设调节池，调节水质水量以及pH，然后再选用阳离子聚丙烯酰胺进行污泥脱水，且根据实际情况处理，以降低水中的SS、盐度及部分COD，减少废水中的生物抑制性物质，并提高废水的可降解性，以利于废水的后续生化处理。
制药厂工艺：
这几类的处理工艺中，气浮需要使用混凝剂，沉淀剂等。
制药工业废水主要包括抗生素生产废水、合成药物生产废水、中成药生产废水以及各类制剂生产过程的洗涤水和冲洗废水四大类。其废水的特点是成分复杂、有机物含量高、毒性大、色度深和含盐量高，特别是生化性很差，且间歇排放，属难处理的工业废水。随着我国医药工业的发展，制药废水已逐渐成为重要的污染源之一，如何处理该类废水是当今环境保护的一个难题。
生物制药废水的特点是高浓度的有机物，COD,BOD值波动较大，废水的BOD/COD值差异大，浓度高，色度深，ss高。化学制药废水的特点是COD高，含盐量高PH值变化大，废水中成分单一不利于微生物成长，含有有毒及不易降解的物质。因为制药废水的成分过于复杂，其处理方法很多种，首次接触的情况下还是要多做小试来确定选用的絮凝剂型号。
阳离子聚丙烯酰胺在制药厂废水处理可以使用，其效果一般是沉淀水中的杂质，因为阳离子絮凝剂能够有效的将水中的悬浮物吸附在一起，形成很好的抱团效果，配合后期的污泥脱水机进行污泥脱水。
阳离子聚丙烯酰胺具有多种活泼的基团， 可与许多物质亲和、吸附形成氢键。主要是絮凝带负电荷的胶体，具有除浊、脱色、吸附、粘合等功能， 适用于染色、造纸、食品、建筑、冶金、选矿、煤粉、油田、水产加工与发酵等行业有机胶体含量较高的废水处理，特别适用于城市污水、城市污泥、造纸污泥及其它工业污泥的脱水处理。